Naruto kehrt von seiner Ausbildung im Dorf Konoha mit Jiraiya zurück. Zweieinhalb Jahre sind seit ihrer Abreise vergangen. Naruto, ein straffälliger Schüler, der immer Streiche gespielt hat, ist ein vollwertiger Ninja geworden.

Nach verschiedenen Trainingseinheiten schmiedet Tsunade einen Plan. Unter der Leitung von Kakashi bilden Sakura und Naruto ein gemeinsames Team und gehen als Team Kakashi auf Ninja-Missionen. Narutos Hauptziel ist es, seinen Freund Sasuke auf den richtigen Weg zu bringen.